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N-(2-氯乙基)嗎啉鹽酸鹽主要應用于醫藥領域，也可在其他一些領域發揮作用。它是合成某些抗ZhongLiu藥物的重要中間體，例如在一些氮芥類抗ZhongLiu藥物的合成過程中，N-(2-氯乙基)嗎啉鹽酸鹽可作為關鍵原料引入氯乙基和嗎啉基團，這些基團對于藥物與ZhongLiu細胞DNA的結合以及發揮細胞毒性作用至關重要，像鹽酸氮芥等藥物的合成可能會用到它。
N-(2-氯乙基)嗎啉鹽酸鹽參與部分 藥物的合成，其結構中的特定部分可以為藥物分子提供與病毒靶點結合的能力，或影響藥物在體內的代謝和分布，從而增強藥物的 活性，比如在研發針對某些RNA病毒或DNA病毒的藥物時會利用到它。
N-(2-氯乙基)嗎啉鹽酸鹽用于構建具有特定藥理活性的藥物分子結構，為藥物提供更好的生物利用度、靶向性或降低毒副作用等。